Cilj ovog Programa je omogućiti označavanje sjemenske soje proizvedene u Republici Hrvatskoj oznakom „slobodna od genetski modificiranih organizama“ ili „GMO - free “ . Na taj način primarni poljoprivredni proizvođači na jednostavniji način mogu odabrati upravo sjeme soje koje će im osigurati proizvodnju kultura slobodnih od genetski modificiranih organizama. Provedbom Programa osigurat će se dostatnost sigurne i kvalitetne sirovine za domaću stočarsku i peradarsku proizvodnju, razvoj sjemenarstva soje u Republici Hrvatskoj, poticanje izvoza sjemena soje, osnaživanje domaćih oplemenjivačkih programa soje kao i izvoz merkantilnih roba po stabilnim i u pravilu višim cijenama.